닌자는 지금도 일본에 여전히 존재하며 그 수는 약 20만 명에 달한다. 『NIN(National Intelligence of NINJA)』으로 알려진 닌자 조직은 국가의 민간 통제를 받지 않고 활동했고, 그 정예 멤버들은 극비리에 암살이나 사보타주 활동에 참여했다. 그리고 『NIN』과 적대하는 또 다른 닌자 조직, 『UN(언더닌자)』가 있다. 닌자와 닌자... 암투의 끝에는 어떤 운명이 기다리고 있을까? 그리고 최전선에 투입된 쿠모가쿠레 쿠로를 비롯한 하급 닌자들의 앞에는 어떤 운명이 놓여 있을까?