하루아침에 지명수배자가 된 긴토키 일행은 카츠라 일파와 함께 지하도시 아키바에서 은둔생활을 하게 된다. 아키바에 새로 개업한 사무소 전단을 돌리고 있던 그때 이들의 앞에 노부메가 의뢰할 것이 있다고 모습을 드러내며 이야기가 시작된다. 긴토키의 스승 요시다 쇼요와 같은 얼굴을 한 우츠로가 동일 인물이라는 것이 밝혀지고, 우츠로의 최종 목적도 밝혀진다. 한편, 아빠가 오빠를 죽이려 한다는 사실을 알게 된 카구라는 두 사람을 되찾기 위해 낙양으로 향하는 귀병대의 함선에 승선한다. 그리고 뒤이어 긴토키와 신파치, 사다하루도 카구라를 찾아 떠난다. 폐허가 된 낙양에서 펼쳐지는 야토 일가의 싸움과 신스케를 찾는 이야기가 펼쳐진다.