사랑과 우정과 행성의 운명이 교차하는 초은하 러브 스토리! 거대한 외계인과의 성간 전쟁으로 멸망 위기에 처한 지구 인류는 종의 존속을 위해 신세계를 찾아 은하로 떠났다. 그리고 2059년, 초장거리 이민 선단 ‘마크로스 프론티어’는 갑자기 미지의 적과 마주친다. 게다가 적은 지구인도 외계인도 아닌, 미지의 외계 생물이었다!