마루, 카이, 아라는 보르네오섬을 떠나 집으로 가던 중 화산 폭발에 휩쓸려 자바섬에 불시착하게 된다. 고대 마녀 루시는 자바섬의 땅속에 화석이 되어 잠들어있던 고대 동물들을 이그라스로 부활시켜 정글을 파괴하기 시작한다. 자바섬을 구하기 위해서는 자바섬의 정령인 레즈라와 볼턴이 트리빌에서 잃어버린 힘을 되찾아야 한다. 마루, 카이, 아라는 우연히 만난 원주민 전사 퉁가와 함께 레즈라와 볼턴을 도와 트리빌로 향한다. 마루일행은 다양한 이그라스들을 만나 위기에 처하지만, 지혜롭게 무찌르고 콜렉션하며 트리빌에 도착한다. 하지만 루시의 부하 가탕카의 공격으로 트리빌마저 위기에 처한다. 우여곡절 끝에 가탕카를 무찌르지만, 레즈라와 볼턴은 트리빌과 함께 고목이 되고... 결국, 마루일행은 직접 루시를 무찌르기 위해 대화산으로 향한다. 마루일행은 더욱 강력한 이그라스들의 공격을 받지만, 힘겹게 무찌르며 루시가 기다리는 대화산에 도착하는데....