사혼의 구슬을 노리던 이누야샤는 키쿄우의 화살에 맞아 봉인되고 사혼의 구슬은 키쿄우의 죽음과 함께 영원히 사라지게 된다. 이야기는 현대로 돌아가 오래된 신사에 사는 중학교 3학년 가영은 어느 날 우연히 사당 안에 있는 우물 속에서 나타난 지네요괴를 만나게 되고 자신도 모르는 사이에 전국시대로 넘어오게 된다. 숲에서 봉인된 이누야샤와 만난 가영은 또 다시 지네 요괴의 습격을 받게 되고 이 요괴의 퇴치를 위해 이누야샤의 봉인을 풀게 되는데…