고등학생 명탐정인 남도일은 미란과 함께 유원지로 놀러 간다. 남도일은 그곳에서 의혹의 조직들이 거래하는 장면을 목격하지만, 또 한 명의 조직원은 발견하지 못하고, 쓰러지고 만다. 남도일을 죽이기 위해 조직의 남자가 먹인 약은 왜인지 남도일을 어린아이의 몸으로 만들고 만다. 조직이 모르고 있던 약의 부작용에 의해 살아 남은 남도일은 정체를 숨기며, 의혹의 조직을 쫓기 위해 주변 사람들에게 코난 이라고 자신을 소개한다. 아버지 유명한이 탐정을 하고 있는 미란의 집에 살면서, 의혹에 쌓인 검은 조직을 쫓기 위해 탐정으로써 의혹을 추리해 나간다.