어느 날, 에일리언 헌터가 지구에서 다섯 명의 아이를 납치했다. 그리고, 20년 후― 수많은 행성에서 생명 개조를 반복해온 「개조실험제국 메스」가, 다음 침략지를 지구로 결정한다. 하지만, 이에 용감히 맞서는 이가 있다. 그들은 바로, 20년 전에 납치당했던 아이들이었던 것이다. 과연 초신성 후뢰시맨은 메스를 쓰러뜨리고, 각자의 가족들과 재회할 수 있을 것인가?