오늘부터 중학교 1학년. 전 세계의 거인을 쓸어버리겠다는 꿈과 희망을 가슴에 품고 입학식 아침을 맞이한 엘런. 그러나 엘런은 첫날부터 미카사의 도움으로 겨우 일어나 지각을 면하기 위해 달려나간다. 등교를 하며 다른 초등학교 출신인 사샤, 장, 코니등을 만난 엘런은 거대한 벽이 있는 학교에 도착한다. 그러나 그곳은 인간과 거인이 함께 통학하는 학교였는데... 과연 엘런은 거인을 쓸어버리는 것이 가능할 것인가?!