1988년 7월, 도쿄에 신형폭탄이 떨어지면서 제3차 세계 대전이 발발한다. 그로부터 31년이 흐른 2019년, 도쿄 만에 새롭게 세워진 도시 ′네오도쿄′는 2020년 올림픽 개최를 앞두고 과거의 번영의 되찾기 위해 바쁘게 움직이고 있다. 그러던 어느 날 밤, 직업 훈련 학교에 다니는 불량소년 카네다와 테츠오는 폭주를 즐기다 봉쇄된 고속도로에서 ′26호′라 불리는 기묘한 남자와 만나게 되고 26호의 초능력에 테츠오는 중상을 입게 된다. 26호는 군대와 대립하고 있는 반정부파가 ′아키라′라는 군사기밀로 착각해 그를 실험실에서 데리고 나온 탓에 군대에 쫓기고 있었고, 그를 쫓던 군대가 갑자기 현장에 나타나 26호와 함께 테츠오도 끌고 가 버리는데….