어느 날 후유키에게 도착한 케로로를 꼭 닮은 기묘한 석상. 그 수수께끼를 풀기 위해 케로로와 후유키의 대모험이 시작된다! 무대는 신비로운 절해의 외딴 섬 이스터섬. 그곳에 도착한 케로로와 후유키 앞에 유쾌한 정령 마나와 이상한 쌍둥이 이오와 라나, 그리고 오랜 잠에서 부활한 전설의 악령 아쿠아쿠가 나타난다. 케로로 모양을 한 석상과 최강의 전사의 정체는? 시리즈 최대, 최대 강적과 격돌하는 케로로 소대는 과연 어떻게 될 것인가?