우주에서 지구를 침략하러 온 케론별의 케로로 중사와 4명의 부하는 어느새 지구에서의 생활을 즐기고 있다. ′우주′네 집에 얹혀살면서 몰래 침략의 기회를 엿보고 있어야 할 케로로는 장남인 ′우주′와 사이가 좋아져서 오늘도 둘이 함께 너무나 좋아하는 건담 프라모델을 사러 나갔다가 돌아오는 길에 발견한 신비한 사당을 발견한다. 그리고 사당 안에 들어간 두 사람은 그곳에 놓여있던 단지를 깨고 만다. 그런데, 다음 날부터 거리에는 이변이 일어나기 시작해 사람은 큰 혼란에 빠진다. 실은 케로로가 깬 단지에는 태고부터 전해내려 온 케론별의 최종병기 키루루가 봉인되어 있었던 것이었다. 이대로 놔두면 지구는 멸망해버리고 만다! 바로 그 때 키루루의 비밀을 쥔 수수께끼의 케론별인 미라라가 나타나 지구를 구하는 유일한 수단을 알려주지만…. 과연 케로로 소대는 지구를 지킬 것인가, 공격할 것인가? ′우주′와의 우정은? 그리고 지구의 운명은?