잉카제국의 유적 마추픽추를 찾은 후유키와 케로로 소대. 오컬트를 좋아하는 후유키는 매우 기뻐하지만 케로로의 머릿속은 지구 침략으로 가득 차 있다. 그들은 그곳에서 미로 같은 유적을 발견하지만, 함정에 걸려 탈출해야 했다. 탈출하던 중 미로 속에 서 있는 한 소녀를 보게 된 후유키. 소녀의 수수께끼를 안은 채 집으로 돌아간 후유키와 케로로들 앞에 최강의 적이 나타난다. 모습은 케로로와 꼭 닮았지만 케로로와 달리 신속하고 냉철하게 지구 침략을 기도하는 다크 케로로. 그는 시바바, 도루루, 미루루라는 우수한 부하들을 이끌고 세계 각지에서 침략을 시작한다. 그것을 맞이하는 케로로 소대의 운명은?