고교 명탐정 신이치는 어느날 검은 조직의 괴상한 계략으로 어린아이로 돌아가고 만다. 자신의 정체가 위험하다고 느낀 신이치는 자신의 정체를 숨기고 초등학생인 ‘코난’으로 살아가고 있다. 늘 자신을 위협하는 검은 조직을 추적하고 있으며, 제일 친한 여자친구인 란의 집에서 얹혀 살고 있으며, 허당 탐정인 코고로를 대신해 늘 완벽한 추리를 하고 있다. 10년동안 감춰왔던 코난의 숨겨진 미공개 X파일이 지금, 공개된다!